反渗透膜的性能下降主要原因是由于膜表面受到了污染，如表面结垢，抹面堵塞；或是膜本身的物理化学变化而引起的。物理变化主要是由于压实效应引起膜的透水率下降；化学变化主要是由于pH值的波动引起的，如使醋酸纤维素膜水解；游离氯也会是芳香聚酰胺膜性能恶化。
反渗透膜污染堵塞的主要原因是由于膜面沉积和微生物的滋长而引起的。其中，微生物不仅堵塞膜，还对醋酸纤维素有侵蚀损的作用。因此，在膜内必须保持一定的余氯量，但是余氯太高，又会引起膜性能下降，故在醋酸纤维素膜前保持余氯0.1~0.5mg/L，而在芳香聚酰胺膜前余氯要小于0.1mg/L。
反渗透膜的清洗处理是一个细致而又繁杂的工作，目前国产膜的质量还不够高，多次清洗膜易损坏。为了减轻清洗工作，必须要搞好前处理，严格把好水质关，否则“后患无穷”。
处理的方法是：定期用0.1%甲醛溶液，或100mg/L质量浓度的新洁尔灭循环清洗处理至少1h。已经污染的膜要用2%柠檬酸铵溶液（pH=4~8）进行清洗，或用亚硫酸氢钠、六聚偏磷酸钠、稀盐酸等来防止锰、铁及碳酸盐的结垢。有时也用酶洗涤剂对有机物进行清洗。清洗压力控制在0.34~0.98MPa（3.5~10kgf/cm2），清洗流速为原来水处理流速的2~3倍。
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